狹義的中藥指紋圖譜是指中藥化學(成分)指紋圖譜，廣義的中藥指紋圖譜則可按應用對象、測定手段進行不同的分類。 中藥指紋圖譜按測定手段可分為中藥化學(成分)指紋圖譜和中藥生物指紋圖譜。中藥生物指紋圖譜主要是測定各種中藥材的DNA圖譜，由于每個物種基因的唯一性和遺傳性，中藥材DNA指紋圖譜可用于對中藥材的種屬鑒定、植物分類研究和品質研究。它對中藥材GAP基地建設、中藥材種植規范(SOP)、選擇優良種質資源和藥材道地性研究極為有用。
中藥化學(成分)指紋圖譜是指測定中藥材所含各種化學成分(次生代謝產物)而建立的指紋圖譜。雖然化學成分是次生代謝產物，受生物環境和生長年限的影響而產生個體間較為明顯的差異，但植物的代謝具有遺傳性，作為同一物種的個體在化學成分上也具有相似性(similarity)，可以用化學成分的譜圖來建立指紋圖譜。中藥化學(成分)指紋圖譜主要有光譜法和色譜法：如紫外光譜(UV)、紅外光譜(IR)、質譜(MS)、核磁共振譜(NMR)，薄層色譜(TLC)、氣相色譜(GC)、高效液相色譜(HPLC)、毛細管電泳(CE)，以及各種聯用技術。中藥材化學指紋圖譜對控制中藥材質量具有更直接、更重要的意義。
